L’idea di creare un Consorzio Nazionale Interuniversitario riguardante specificatamente la ricerca scientifica in mare si è trasformata in iniziativa concreta a seguito di un approfondito dibattito nell’assemblea annuale dell’Associazione Italiana di Oceanologia e Limnologia (AIOL), svoltasi a Roma, nella sede del MURST, il 28 ottobre 1993. In tale occasione furono prospettate le esigenze di ricerca e di formazione nel campo delle Scienze del mare e le difficoltà incontrate, ormai da anni, per imprimere un significativo sviluppo a questa importante area di conoscenza.
Per procedere, quindi, nella costituzione del Consorzio si sono riuniti in Comitato promotore i rappresentanti di 15 Università (Ancona, Bari, Bologna, Cagliari, Catania, Genova, Lecce, Messina, Milano, Napoli, Pisa, Trieste, Urbino, Venezia, Istituto Universitario Navale – Napoli), uno per ognuna di esse, stilando lo Statuto come atto di base per concretizzare l’iniziativa assunta; tale documento è stato licenziato dal Comitato promotore intorno alla metà del mese di gennaio del 1994. Il 21 febbraio del 1994 è stato firmato l’atto costitutivo del CoNISMa dal primo nucleo di Università (Genova, Trieste, Ancona ed Istituto Universitario Navale di Napoli).